C'est Françoise d'Amboise qui fonde en 1463 le premier établissement français de l'ordre de Notre-Dame-du-Mont-Carmel, à Vannes.
Veuve du duc de Bretagne Pierre II, celle-ci souhaitait embrasser la vie religieuse, et la rencontre avec Jean Soret, prieur général des carmes, la convainc de rejoindre cet ordre ; à cette date, il n'en existe cependant aucun établissement féminin en France.
À force de persuasion, elle obtient l'autorisation d'installer une communauté à Vannes, d'abord du pape Pie II, par une bulle du 16 février 1460, puis du duc de Bretagne François II, par un acte du 19 juin 1462. Si la bulle pontificale établit les règles de fonctionnement de ce nouveau couvent – 24 religieuses, âgées de 18 ans minimum, en clôture perpétuelle, dotées de mille livres de rente annuelle prises sur les biens propres de Françoise d'Amboise, etc. –, l'acte de François II lui donne enfin l'assise foncière nécessaire en lui concédant un terrain près du couvent des carmes du Bondon à Vannes. Après plusieurs mois de travaux, le couvent, placé sous le vocable des Trois Marie peut enfin accueillir à partir du 21 novembre 1463 neuf religieuses venant de Liège. La duchesse douairière y entre bientôt, en mars 1468 ; elle en devient prieure en 1475.
Peu de temps après cependant, en 1477, François II, son neveu, lui demande de s'installer dans le couvent des Couëts, dans la paroisse Saint-Pierre de Bouguenais, près de Nantes. Le duc souhaitait, en effet, que cet établissement, alors occupé par des bénédictines de l'abbaye de Saint-Sulpice, retrouve une discipline plus stricte. Quelques-unes de ses sœurs carmélites l'y accompagnent ; les autres les rejoignent deux ans après, en 1479, abandonnant de fait le couvent du Bondon.
Cependant, comme un juste retour des choses et pour répondre à l'un des derniers vœux de Françoise d'Amboise, décédée en 1485, les religieuses des Couëts envisagent de fonder à nouveau un établissement à Vannes. La duchesse Anne de Bretagne leur en donne l'autorisation en 1513. S'engagent alors de longues négociations avec les seigneurs laïcs et ecclésiastiques de la place de Vannes afin d'obtenir un emplacement satisfaisant. Ce n'est donc qu'en 1518 que débute la construction du couvent, placé sous le vocable de Nazareth, à l'emplacement actuel de la place du même nom. L'acte de fondation du 6 avril 1530 transfère ensuite la propriété des biens que le couvent des Couëts possédait en Goëllo, dans la presqu'île de Rhuys, à Vannes et à Redon. Le nouveau couvent peut alors accueillir vingt pensionnaires le 13 avril suivant. Le succès est immédiat. De fait, dix ans plus tard, elles sont déjà trente et leur nombre ne fait que croître. D'autres fondations sont alors créées : une colonie à Rennes, le Saint-Sépulcre, en 1622, une autre à Ploërmel, Bethléem, en 1627. Ce succès se constate également du point de vue des revenus. Nombreuses sont les dotations, tant en numéraire qu'en biens immobiliers, qui lui sont accordées depuis la refondation. En outre, les religieuses souhaitant y entrer doivent s'assurer d'une pension au montant élevé.
Ainsi, lors de la dissolution de la congrégation sous la Révolution, les biens vendus révèlent un important patrimoine foncier : maisons, manoirs, métairies et tenues, vergers, moulins, pièces de terre à labour ou de lande, bois, marais, droits divers, dans les paroisses d'Arradon, Bignan, Elven, Grand-Champ, Hennebont, Moustoir-Ac, Plaudren, Plescop, Plumergat, Saint-Jean-Brévelay, Saint-Nolff, Sarzeau, Séné, Theix, et de Vannes surtout. Après 1792, le site devient, entre autres, prison départementale.
En 1866, peu de temps après la consécration officielle du titre de « bienheureuse » de Françoise d'Amboise par le pape Pie IX (1863), les carmélites reviennent à Vannes. Mère Séraphine, du carmel de Cahors, après avoir fondé celle d'Angers, installe ainsi une nouvelle communauté dans la rue de la Vieille Boucherie (rue Jean Gougaud), près du champ de foire (place de la Libération). Les sœurs s'y trouvent toujours, rejointes en 1995 par celles de Brest.
